Fauna nacionalnog parka "Krka" samo je djelomicno istrazena. Neki faunisticki elementi posebno su bogati i zanimljivi: ihtiofauna (ribe), herpetofauna (vodozemci i gmazovi) i ornitofauna (ptice).
U slatkovodnom dijelu Krke utvrdeno je sedamnaest vrsta riba iz sest porodica. Od
toga su sedam endemi jadranskog podrucja, a jedna od cetiriju vrsta iz porodice pastrva
(Salmonida) - Salmothymus obtusirostris krkensis Kar. 1926, obitava samo u Krki.
Utvrdeni endemi jos su: glavatica (Salmo marmoratus), sval ili strugac (Leuciscus svallize),
drlja (Scardinius erythrophthalmus hesperidicus), ostrulj (Aulopyge hugeli), mren (Barbus
plebesus) i ilirski klen (Leuciscus illyricus).
Medu vodozemcima cesti su obicni vodenjak (Triturus vulgaris), siva gubavica
(Buffo buffo). zelena zaba (Rana esculenta) i dr, a medu gmazovima veliki zelembac
(Lacerta trilineata), blavor (Ophisaurus apodus), kucni macaklin (Hemidactylus turcicus) ,
cancara (Testudo
hermanni), evropska kornjaca (Emys orbicularis) te zmije cetveroprugi
kravosas (Elaphe quatuorlineata), crvenkrpica (Elaphe situla leopardina), modras
(Malpolon monspessulanus) i obicni poskok (Vipera ammodytes).
Po bogatstvu (221 vrsta) i faunistickoj strukturi Krka je jedan od najznacajnijih
ornitoloskih rezervata u Hrvatskoj, a uvrstena je i medu ornitoloski najvrednija podrucja
Europe. Posebno je znacajna kanjonska ornitofauna, koja sadrzi brojne rijetke i ugrozene
vrste: suri orao (Aquila chrysaetos), orao zmijar (Cyrcaetus gallicus), sokolovi
(Falconidae), sove (Strigidae), ciope (Apodidae), lastavice (Hirundinidae) i dr. Podrucje parka zanimljivo je i za seobu i zimovanje mocvarnih ptica kao sto su razne vrste caplji
(Ardeidae), divlje patke i guske (Anatidae), zdralovi (Gruidae), prutke (Tringa sp.), sljuke (Scolopacidae).
U fauni sisavaca pronalazimo caglja (Canis aureus), tvora (Mustela putorius), kunu
bjelicu (Martes foina), jazavca (Meles meles) te vrlo prorijedenu i ugrozenu vidru (Lutra
lutra).
