Šumski pokrov nacionalnog parka "Krka" pod djelovanjem stoljetnog antropogenog utjecaja uvelike je unisten i degradiran. Posljednjih desetljeca zapazen je prirodni proces obnove vegetacije uslijed smanjene sijece drva i ogranicenja ekstenzivnog stocarstva.
Biljni pokrov karakterizira oko 800 vrsta medu kojima je vise ilirsko-jadranskih
endema. Najvise je mediteranskih flornih elemenata (oko 60 %), zatim juznoevropskih
(oko 20 %), a ostatak cine biljke siroke rasprostranjenosti i kozmopoliti. Od zimzelenih
elemenata najvise su zastupljeni hrast crnika (Quercus ilex), zelenika (Phillyrea latifolia) i
trslja (Pistacia leutiscus), a od listopadnih bijeli grab (Carpinus orientalis), crni jasen
(Fraxinus ornus), maklen (Acer monspesulanum) i hrast medunac (Quercus pubesceus).
Posumljavalo se uglavnom alepskim borom (Pinus halepensis) i crnim borom (Pinus
nigra).
U mocvarnoj vegetaciji uz rubove slatkovodnih jezera zastupljeni su: trska
(Phragmites communis), siljevina (Schoenus nigricans), obicna glavica (Holoschoenus
vulgaris), sitinac (Juncus obtusiflorus), lopoc (Nymphea alba) i lokvanj (Nuphar luteum).